Храм свободно вмещал 500 человек и был богато украшен. Здесь находились уникальный мраморный 2-ярусный иконостас с золотой отделкой и плащаница, вышитая шелками и золотом инокинями московского Алексеевского монастыря по особому рисунку В. М. Васнецова, и икона «Тайная вечеря» его же кисти. Остальные иконы выполнены московским иконописцем В. П. Гурьяновым. По внутренним стенам располагались громадные мемориальные доски из белого мрамора с именами должностных лиц, убитых по политическим мотивам в 1904 -1907-х гг., включая неправославных, то есть всех «убиенных крамольниками жертв по 73 губерниям, областям, городам и воинским частям, в количестве 1845 человек». Их, размещенных по обеим сторонам храма, как бы соединяла надпись на средней арке: «Больше сея любве никтоже имать, да кто душу свою положит за други своя». Церемония освящения состоялась 5 апреля 1909 г.

5 февраля 1924 года храм закрыли. Под снос пошли все пять глав церкви и звонница. Сначала на территории храма помещалось общежитие, затем склад и строительный цех завода «Знамя труда». Из окружающей современной застройки здание выделяли только остатки красно-белой кладки, подражавшей византийским традициям. В конце 1980-х здание храма стояло в планах на снос в связи с реконструкцией Боткинской больницы. Однако, благодаря стараниям главного врача больницы И. П. Кузина, в феврале 1990 года здание храма было передано Фрунзенским райсоветом Русской православной церкви. Освобождение здания от производственного оборудования состоялось только 5 января 1991 года и в том же году храм был освящён.